Volume 1 (1893-1894): Epidemia de cólera no Rio de Janeiro e no Vale do Paraíba; tuberculose; febre amarela; reforma do Serviço Sanitário; qualidade das águas; Domingos José Freire Junior.
Volume 2 (1903-1904): Combate à febre amarela; varíola; regulamento sanitário federal.
Volume 3 (1904): Vacinação obrigatória contra a varíola e a campanha contra a sua regulamentação- Revolta da Vacina.
Volume 4 (1904-1906): Campanha de saneamento da cidade do Rio de Janeiro contra a febre amarela, peste bubônica e tuberculose; viagens de inspeção aos portos do Sul e Norte do Brasil.
Volume 5 (1906-1907): Saneamento das cidades; inspeção dos alimentos; peste bubônica na cidade do Rio de Janeiro; política no Rio de Janeiro; tuberculose; favelas; varíola.
Volume 6 (1907-1908): Peste bubônica; varíola; tuberculose.
Volume 8 (1911-1915): Febre amarela no Pará; Exposição de Higiene e Demografia de Dresden; epidemia de malária em São João Marcos; tuberculose; posse de Oswaldo Cruz na Academia Brasileira de Letras; saneamento da Amazônia; Conferência Sanitária Internacional realizada em Montevidéu; homenagem ao titular prestada pela Sociedade de Medicina e Cirurgia do Rio de Janeiro.
Volume 9 (1917): Morte de Oswaldo Cruz e as solenidades prestadas em sua homenagem.
Volume 10 (1903-1912): Caricaturas sobre a atuação de Oswaldo Cruz no comando da saúde pública.

Possui documentos que espelham boa parte da vida privada e trajetória profissional titular. Contém desde recibos de aluguel a nomeações para cargos que ocupou, livros caixa onde o titular anotava seu orçamento doméstico aos quais chamava de "Livro da Verdade". Neles também escrevia pensamentos, frases filosóficas e registrava datas importantes de sua vida.

Seus cinco documentos são representativos da passagem do titular pela prefeitura de Petrópolis. Entre estes encontra-se o documento de nomeação do titular para o cargo de prefeito da cidade. Tem como datas-limite os anos de 1916 e 1917.

Documentos (05) contendo projetos de lei, recotes de jornais e anotações referentes à passagem do titular pela prefeitura de Petrópolis.

Os 27 itens desta série receberam tratamento individual. Trata-se de trabalhos científicos de Henrique de Beaurepaire Aragão, Arthur Neiva, Adolpho Lutz, Alcides Godoy, Arthur Moses, Costa Lima, entre outros, enviados para publicação nas 'Memórias do Instituto Oswaldo Cruz'. Suas datas-limite situam-se entre 1912 e 1918.

Possui 1.184 itens documentais divididos em três subséries. A Subsérie Pessoal, com 342 documentos, subdivididos em 12 dossiês, enviados pelo titular a sua esposa, como também aos filhos e entre estes personagens. A Subsérie Científica que está subdividida em 17 dossiês por missivas, possui 259 itens documentais. A Subsérie Político-Administrativa com 583 documenos subdivididos em 5 dossiês representados por cada um dos cadernos em que o titular deixava cópias de telegramas e cartas emitidos tanto a partir do IOC, da DGSP e da Prefeitura de Petrópolis.

Cartas enviadas pelo titular à sua esposa, Emília Fonseca, como também aos filhos e entre estes personagens.

Documentos contendo orçamentos, contratos, projetos e recibos referentes à construção e à conservação do conjunto arquitetônico e histórico de Manguinhos. Documentos que registram a participação das empresas Siemens e Kodak.

Os documentos espelham a criação do Instituto de Manguinhos, bem como seu desenvolvimento político, científico e administrativo. Os temas contemplados referem-se principalmente à construção da filial de Belo Horizonte; ao XIV Congresso de Higiene e Demografia de Berlim, em 1907; e à Exposição Internacional de Higiene e Demografia de Dresden, em 1911; à construção do conjunto arquitetônico de Manguinhos; à produção de soros e vacinas; à transformação do Instituto Soroterápico Federal em Instituto de Medicina Experimental de Manguinhos e posteriormente Instituto Oswaldo Cruz; às expedições científicas na Amazônia.

O documento mais antigo deste conjunto é de autoria de Bento Gonçalves Cruz, pai do titular, versando sobre o saneamento da Lagoa Rodrigo de Freitas.

Seus três dossiês somam 180 documentos. Possui como datas-limite os anos 1917 a 1972. O primeiro refere-se às condolências e manifestações de pesar proferidas imediatamente após o falecimento do titular. O segundo, às homenagens póstumas prestadas por médicos e cientistas, em especial aqueles que conviveram com Oswaldo Cruz em Manguinhos, e o último, ao concurso de monografias comemorativo do centenário do nascimento, promovido pelo Ministério da Saúde e pelo Instituto Euvaldo Lodi em 1972.

Documentos da Comissão Executiva do Monumento a Oswaldo Cruz e os discursos em memória ao titular pronunciados por Fernandes Figueira, Clementino Fraga, Ruy Barbosa, Ezequiel Dias, e José Carlos de Macedo Soares.

Caderno de aula de Oswaldo Cruz contendo anotações sobre os seguintes assuntos: anatomia topográfica, operações, partos, formas anômalas internas e externas e farmácia.

Organizado pelo titular em ordem alfabética sobre enfermidades, substâncias e procedimentos, contendo ao lado de cada nome ora a sua definição, ora os procedimentos terapêuticos, ora uma bibliografia correspondente.

Caderno com anotações referentes ao curso ministrado pelo professor Francisco de Castro (Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro). As notas foram colhidas à cabeceira dos doentes e coordenadas sob a forma de aforismos. Referem-se a moléstias de nutrição, moléstias microbianas e parasitárias, intoxicações, moléstias do sangue, moléstias do aparelho circulatório, moléstias do coração, lesões oro-valvulares, moléstia dos brônquios, moléstia dos pulmões e moléstias do aparelho digestivo.

Anotações de aula. Nas páginas finais Oswaldo Cruz fez um índice de assuntos abordados no curso, tais como tuberculose, cólera e peste bubônica. Anexos folha impressa contendo instruções para o emprego da tuberculina seguindo indicações do professor Nocard d'Alfort; folha impressa contendo instruções para o emprego da maleína; folha impressa contendo instruções para o emprego do soro antidiftérico; folha impressa contendo instruções para o emprego do soro antitetânico, um panfleto em alemão; folha impressa contendo instruções para o emprego do soro antipestoso; quatro folhas impressas com figuras desenhadas pelo titular.

Texto de descrição feita por Oswaldo Cruz dos espécimes que fazem parte da Coleção Entomológica do Instituto de Manguinhos.