Nasceu em 24 de novembro de 1879, na cidade do Rio de Janeiro, filho de Henrique Carlos da Rocha Lima e Hermizilia Cássia Rocha Lima. Formou-se pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em 1901. Um ano antes frequentou o Instituto Soroterápico Federal, em Manguinhos, quando teve o primeiro contato com Oswaldo Cruz e a pesquisa científica. Entre 1901 e 1902 realizou cursos de higiene, bacteriologia, protozoologia, microbiologia e anatomia patológica no Instituto de Higiene e no Hospital Charité de Berlim (Alemanha). Em 1903, a convite de Oswaldo Cruz, ingressou como chefe de serviço no Instituto Soroterápico Federal. Ali se destacou na orientação de estudantes de medicina que frequentavam os laboratórios para desenvolver suas teses de doutoramento e na estruturação de cursos sobre anatomia patológica, bacteriologia e zoologia médica. Retornou à Alemanha em 1906, para estudar no Instituto de Patologia anexo ao Hospital de Munique. No ano seguinte, ao lado de Oswaldo Cruz, participou em Berlim do XIV Congresso Internacional de Higiene e Demografia e da Exposição de Higiene a este vinculada. Sua atuação no preparo do material referente às atividades do Instituto Soroterápico Federal contribuiu significativamente para o primeiro lugar alcançado pela mostra brasileira no evento. Em 1909 vinculou-se ao Instituto de Anatomia Patológica da Universidade de Jena e, posteriormente, ao Instituto de Doenças Marítimas e Tropicais de Hamburgo. Em 1910 pediu exoneração de Manguinhos. No Tropeninstitut permaneceu até 1927, onde pesquisou várias moléstias, como febre amarela, verruga peruana, doença de Chagas e tifo exantemático, do qual descreveu o agente etiológico em 1916, a Rickettsia prowazekii. Em 1928, já de volta ao Brasil, incorporou-se ao Instituto Biológico de Defesa Agrícola e Animal (Instituto Biológico em 1937), que viria a dirigir de 1933 a 1949. A consolidação desse instituto paulista no cenário científico brasileiro e internacional foi o maior legado de sua administração. Em 1952 recebeu o título de doutor honoris causa da Universidade de Hamburgo. Morreu em 12 de abril de 1956, na cidade de São Paulo.